κσνμκ @StructureSleuth
Protein Designer Joined December 2024-
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A joint sequence-structure diffusion model for transmembrane proteins!
実験医学増刊号に寄稿させていただきました！深層学習ベースのde novoタンパク質設計でできること&課題を解説しました。 深層学習でゼロからつくる機能性タンパク質【本田信吾】 編集くださった加藤先生 @emeKato 西増先生 @hnisimasu 、編集部の皆様に感謝申し上げます！ yodosha.co.jp/jikkenigaku/bo…
ADCに不可欠なペプチドリンカー（Cleavable linker）についてまとめた総説 pubs.acs.org/doi/10.1021/ac… 非常によくまとまっており、Cleavable linkerを俯瞰されたい方はとりあえずこれを読んでおけばOKかと思います。 ADCリンカーの役割…
Nature research paper: One-shot design of functional protein binders with BindCraft go.nature.com/4g0R09u
トークの機会をいただきました！ 同僚とSummer studentsの活躍によってめちゃアツい展開を迎えているプロジェクトの話をさせていただく予定です！
トークの機会をいただきました！ 同僚とSummer studentsの活躍によってめちゃアツい展開を迎えているプロジェクトの話をさせていただく予定です！
Boltz-2が遅いので、docking結果を突っ込んでaffinity予測させれば速くてそこそこ良い予測ができるよ、というpreprintです。(@yumizsui) [2508.17555] Boltzina: Efficient and Accurate Virtual Screening via Docking-Guided Binding Prediction with Boltz-2 arxiv.org/abs/2508.17555
新しい論文出ました。Protein Science. EQAFold! Alphafold2の信頼度スコア(plDDT)は残基単位で見ると実際の正解度と違う、特にスコアが高すぎるケースがあります。ここではAF2にgraph NNを入れることでこれを改善します。
新しい論文出ました。Protein Science. EQAFold! Alphafold2の信頼度スコア(plDDT)は残基単位で見ると実際の正解度と違う、特にスコアが高すぎるケースがあります。ここではAF2にgraph NNを入れることでこれを改善します。
実験医学の増刊号、「構造生命科学 AlphaFold時代にどう活かす？」に一章書かせていただきました: AlphaFoldを活用したタンパク質複合体構造予測 増刊号の編集していただいた加藤英明，西増弘志の両先生ありがとうございます。 yodosha.co.jp/jikkenigaku/bo…
Scalable Emulation of Protein Equilibrium Ensembles with Generative Deep Learning @ScienceMagazine 1. A groundbreaking study introduces BioEmu, a deep learning system that can rapidly generate protein structure ensembles, capturing dynamic conformational changes and predicting…
Accelerating Biomolecular Modeling with AtomWorks and RF3 🚀 New preprint from David Baker!🚀 1. A new framework called AtomWorks has been introduced to revolutionize biomolecular modeling. AtomWorks provides a unified and modular platform for developing state-of-the-art…
RosettaFold 3 is out! biorxiv.org/content/10.110…
A new book on Protein Function Prediction from Methods in Molecular Biology series edited by Daisuke Kihara & Lukasz Kurgan is now available! It includes 20 chapters on state-of-the-art computational protein function prediction methods and resources. link.springer.com/book/10.1007/9…
Diffusing Protein Binders to Intrinsically Disordered Proteins 🚀 New paper from David Baker!🚀 1. A groundbreaking study published in Nature demonstrates a novel method for designing protein binders that can target intrinsically disordered proteins (IDPs) and regions (IDRs)…
SHAPES now published in Cell Systems!
SHAPES now published in Cell Systems!
Ep16: [Interview] Yusuke Nasu (Academia Sinica) "The grass is (not) always greener on the other side" 公開しました！open.spotify.com/show/1QHT8n1yx… 那須雄介さん @NasuLab_IBC をゲストに、企業からアカデミアへのキャリア、蛍光タンパク質センサ開発、海外での独立やラボ運営について伺いました。
野地さんより一言 「上野さんと野地の与太アイデアに丸井くん(当時卒研生・現M2)が果敢に取り組んでくれたことでスタート。修士の安田くんによる機能解析で、低PMF下のATP合成を確認。村田さん・濱口さん(千葉大)、千田さん・安達さん(KEK)らの協力でaサブユニット複数結合構造が判明。皆様に感謝!」
上野さんの深い知見があって成り立っている研究です。ぜひご覧ください。 天然を凌駕するH+/ATP比で駆動するATP合成酵素の開発 nature.com/articles/s4146…
This paper shows our Nufold performs better than Alphafold3 in RNA structure prediction :) openreview.net/forum?id=zOMc4… Try our Nufold
This paper shows our Nufold performs better than Alphafold3 in RNA structure prediction :) openreview.net/forum?id=zOMc4… Try our Nufold
生化学・生物物理 若手の会合同オンラインセミナーを開催します🎉 それぞれの若手の会からお招きした講師によるセミナーです！ 生物物理と生化学の両面から生命現象を読み解くユニークな会です。ぜひご参加ください！ 日時：6月14日(土)10:30- 参加登録は↓↓(6/12〆切) forms.gle/nPmVDP9spWs3TZ…
Unveiling KRAS Mutant Structures with AlphaFold 3: New Avenues for Targeted Cancer Therapy １．This study uses AlphaFold 3 to systematically predict structures for 494 KRAS mutants in the Switch I and II regions, identifying dynamic sites that may underlie oncogenic activity and…
bunchin @Fiordlandpg
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学術変革領域研... @BottomUBiotech
537 Followers 29 Following 令和３〜７年度 学術変革領域研究（A） 超越分子システム 「生物を凌駕する無細胞分子システムのボトムアップ構築学」の広報アカウントです。
nature @Nature
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Structure @Structure_CP
7K Followers 1K Following Structure is a monthly publication of @CellPressNews dedicated to research at the cutting edge of #structuralbiology. Tweets are by the Editors.
Biotite @biotite_python
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クライオ電顕ユ... @CryoEM_UG
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Hideaki Kato Lab (RCA... @hekatolab
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生化学若い研究... @seikawakate
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𝗬𝘂𝗺𝗶𝘇 ... @yumizsui
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Shota Suzuki @structure_bio36
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Hitoshi Ishiwata @QBio_Eng_lab
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Masahide Kikkawa @mkikkawa
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Kihara Laboratory @kiharalab
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Rosetta Commons @RosettaCommons
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Kotaro Tsuboyama @KotaroTsuboyama
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蛋白質科学会若... @pssjym
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Masa Somiya @MasaSomiya
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725 Followers 583 Following 2022.4- 助教 @TohokuUniv_FRIS JST創発 ← JSTさきがけ ゲノム合成/ポスドク @InoueLabJHMI Keywords: 人工細胞, アクチン細胞骨格, タンパク質光操作・化学操作, 無細胞翻訳系 @Matsubayashi_E @Biomol_Design
分子デザインは... @Biomol_Design
597 Followers 1 Following このpodcastは、さまざまな形で分子デザインに携わるメンバーが、分子デザインについてゆるく語りつつ情報発信する番組です。タンパク質デザインや核酸 (DNA/RNA)デザインが主なトピックです。 https://t.co/aqYGgPTpK6
YasuOkamoto @Okamoto_Yasu_CH
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Daisuke Kihara @d_kihara
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The Baker Lab Podcast @BakerLabPodcast
151 Followers 1 Following Your front-row seat to the human side of science.
Naoya KOBAYASHI @kobnaoya
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Institute for Protein... @UWproteindesign
17K Followers 629 Following We create proteins that solve challenges in medicine, technology & sustainability 🟡 2024 Nobel in Chemistry 📍@UWMedicine — https://t.co/1PR2DtKdeB
Sergey Ovchinnikov @sokrypton
16K Followers 4K Following Scientist, Assistant Professor @MITBiology, #FirstGen, ProteinBERTologist, 🇺🇦 No Human is illegal. Moving to: https://t.co/sow6IRD3jj
Yoshitaka Moriwaki @Ag_smith
12K Followers 4K Following とある文京区のラボォです。タンパク質の立体構造とバイオインフォマティクスに興味があります。I'm interested in protein bioinformatics. ORCID: 0000-0003-0448-9790
バイオステーシ... @Bio_stations
24K Followers 386 Following バイオステーションポッドキャストは研究やキャリア選択の裏側を可視化することを目指します。SpotifyやApple podcastなど各種プラットホームで好評配信中です！
Shingo Honda (本田 ... @akg_entrance
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The Nobel Prize @NobelPrize
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Masakazu Sekijima @m_sekijima
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Ohue M/大上雅史 @tonets
12K Followers 3K Following 猫じゃら氏🐈准教授@ohuelab #猫じゃらぼ 𝙎𝘾𝙄𝙀𝙉𝘾𝙀 𝙏𝙊𝙆𝙔𝙊⭐️情報理工学院。Sax、猫、麻雀、ポーカー、学振が趣味。Bio/Cheminfo。9&5歳育児。学振本著者📗
Daisuke Okanohara / �... @hillbig
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